Qeveria paguan TVSH e PPP në shëndetsi, pavarësisht se nga Kontrolli i Lartë i Shtetit, kjo konsiderohet e paligjshme. KLSH raporton se vazhdimisht ka sugjeruar ndryshimin e mënyrës së faturimit ndaj skemës së Check up, ndërkohë që udhezon zbatimin e ligjit. Kontrolli i Lartë i Shtetit e konsideron të paligjshme pagesat e TVSH që qeveria bën ndaj koncesioneve PPP ne shëndetësi.
Kontrolli i Lartë i Shtetit në Kuvendin e Shqipërisë raportoi se është konstatuar se edhe për vitin 2020 vijojnë të pranohen dhe likuidohen faturat tatimore mujore të Check-Up, lëshuar nga koncesionari, në vlerën totale 322 milion lekë në të cilën përfshihet edhe TVSH në masën 20% mbi vlerën e shërbimit shëndetësor, ndërkohë që ky shërbim duhet të trajtohet si Furnizim i Përjashtuar nga TVSH. Praktika vazhdon bazuar edhe në interpretimin e DPT, e cila ka referuar shërbimin si të tatueshëm KLSH vëren se interpretimi i tatimeve është mbi ligjin e TVSH i cili në nenin 51 i ka të përcaktuar shumë qartë shërbimet që përjashtohen nga TVSH-ja, raporton Monitor. Në ligjin për TVSH neni 51 përcakton përjashtimin nga TVSH-ja të aktiviteteve si më poshtë: -Furnizimi i barnave, pajisjeve mjekësore të implantueshme aktive dhe pajisjeve mjekësore të implantueshme;
-Furnizimi i shërbimeve shëndetësore dhe veprimeve të lidhura ngushtë me to, që kanë për qëllim mbrojtjen e shëndetit të shtetasve, përfshirë parandalimin, diagnozën, trajtimin, kurimin e sëmundjes apo çrregullimeve shëndetësore dhe rehabilitimin, nga institucionet shëndetësore publike ose private, të njohura si të tilla nga autoriteti kompetent shëndetësor; -Furnizimet e shërbimeve shëndetësore, të ofruara për qëllime të kujdesit për shëndetin, në kuadër të ushtrimit të profesionit mjekësor ose paramjekësor, të njohur si të tillë dhe të licencuar, sipas legjislacionit në fuqi për licencimin; -furnizimi i organeve, gjakut dhe të qumështit njerëzor; -furnizimet e shërbimeve shëndetësore, të kryera në kuadrin e profesionit të tyre nga stomatologët dhe laborantët dentarë;
Kontrolli i Lartë i Shtetit e cilësoi absurditet këtë fakt duke pohuar se vetëm koncesioni i Check UP merr 800 milionë lekë ose 6 milionë euro TVSH kundër përcaktimeve në ligjin mbi Tatimin në Vlerën e Shtuar.
Nga auditimi për dy nga tre kontrata koncesionare, “Check-Up” dhe “Sterilizimi”, rezultoi se aplikohet Tatim mbi Vlerën e Shtuar, në masën 20 % mbi çmimin e kontraktuar. Ndërsa për shërbimin e “Hemodializës”, ky tatim nuk aplikohet. Megjithëse të tre shërbimet e sipëpërpendurajanë pjesë e zinxhirit të ofrimit të shërbimit shëndetësor ndaj pacientit nga institucione shëndetësore të licencuara, si dhe faturojnë njëlloj shërbimin drejt institucioneve shtetërore prej dhe nga paguhen, mënyra e faturimit të tyre ndryshon. Megjithëse KLSH, në vazhdimësi, ka këshilluar ndryshimin e mënyrës së faturimit për shërbimin e “Check-Up”, situata nuk ka ndryshuar, por ajo vijon edhe në koncesionin e “Sterilizimit”. Kjo mënyrë faturimi e shërbimit shëndetësor nuk është kundërshtuar nga Autoriteti, apo të jenë marrë nisma për qartësimin e frymës së ligjit me MFE.